上诉人（原审被告、反诉原告）a公司。
法定代表人施某。
委托代理人钱某。
被上诉人（原审原告、反诉被告）b公司。
法定代表人金某。
委托代理人李某。
上诉人a公司（以下简称a公司）因建设工程施工合同纠纷一案，不服上海市奉贤区人民法院（2011）奉民三（民）初字第2615号民事判决，向本院提起上诉。本院于2012年6月21日受理后，依法组成合议庭于2012年7月11日公开开庭审理了本案，上诉人a公司之委托代理人钱某、被上诉人b公司（以下简称b公司）之委托代理人李某到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审认定，2010年3月，b公司为其东侧扩建项目申请提前开工。同年4月6日，上海市奉贤区建设和交通委员会审核批准了《奉贤区绿色通道工业项目提前介入单》，备注栏载明应在3个月内补办完成建设工程规划许可证及施工许可证等相关手续。
2010年4月，b公司为上述工程的施工发布了招标文件，列明了具体的施工内容和要求，a公司参与了投标，其投标价为18,341,078.92元（人民币，下同）。在报价的其他项目中，有三废整体工程内容，投标价为2,000,000元。
2010年4月22日，b公司与a公司签订《万溯东侧扩建土建工程会议纪要》，双方约定:总价下浮至与“金山建设”一致，即16,264,290元（含580万元其他项目报价）；同意带资；施工期间自行负责外围关系协调，b公司不承担因外围关系造成的工期影响及费用；a公司承诺绝对不是挂靠公司，各专业管理人员公司自派；安全、质量、工期保证按照合同执行；工期确保158天（含158天）完工，只提前，不延期；尽量保证4个单体中拿到一个单体优质奖。
2010年4月26日，b公司向a公司发出《中标通知书》。
2010年4月28日，b公司（发包人）与a公司（承包人）签订了《厂房东侧扩建项目（土建）工程合同文件》，双方约定由a公司承建b公司厂房东侧扩建项目。对工程内容约定为：本次提供的招标图纸、工程量清单中包括的土建工程、安装工程，包括危险仓库、综合仓库、12车间、13车间及由发包人要求未包括在图纸中的施工内容均属于施工承包范围内的所有内容。对工程质量约定为：为一次验收合格率为100%。对工期约定为:工程应在开工日起158天内竣工，但由于发包人原因造成的延误，则工期相应顺延；承包人应出一工程计划网络图，非关键线路工程变更、非整体工程变更或经调整可避免延长关键线路时间，整个工期不作延长，若承包人不提供网路图，非整体工程变更工期不延长。对造价约定为：固定单价为16,269,179元，为单价闭口包干性质，以工程量清单为准，材料价格变化已包含在合同价款内，除另有约定外，不再据此调整合同价款，合同价款已包含总包管理服务费30,000元；土建综合费率6%，安装综合费率为41%，人工、材料、机械单价，合同中有相同或类似的单价参照合同单价；施工期间每月信息价的算术平均值与2010年2月相应的信息价相比，人工价波动幅度大于等于3%，混凝土钢筋价格波动幅度大于等于5%，水泥、商品混凝土价格波动幅度大于等于8%的，对超出3%部分的差价进行税前补差。对变更工程约定为：合同中已有适用或类似于变更工程价格的，按合同已有价格计算变更合同价款；合同中没有适用或类似于变更工程价格的，人工、材料、机械的消耗量按2000定额、预算定额附件、有关规定和文件的计算规则计取；图纸或施工规范所明确的本工程，发包人可随时发出指示要求对工程在设计、品质或者数量上作出更改、修正、增加或删除，此类工程变更不改变承包人应尽责任、义务，按指示而发生的工程变更的费用由发包人采取工程量清单内适用的单价,原则上仅限于主材予以调整,经双方协商确定，合同总价按此相应调整，工期不得顺延;由于设计变更、工程量签证等原因产生的新项目，投标中有的人工、材料、机械的单价一律按照投标的单价以及统一的下浮率进行结算，无类似单价则参照施工期间的市场平均价格，并报投资建立和发包人核批。对工程款的支付方式约定为：发包人在合同签订和收到有效预付款保函后的十五天内向承包人支付10%的工程预付款，承包人完成工程量到达形象完工认定数的60%进行支付工程款，发包人每月按比例支付，对该部分工程量，由承包人在每月26日前将《本月度已完工工作量报表》、《本月工程加框结算表》送监理单位审核，发包人确认后的14天内支付工程款，工程进度款（含预付款）累计支付到合同款的75%，待工程竣工验收，质量评定等级后，办理竣工结算，经审价完毕，交齐工程竣工档案资料后，按照审定价付至95%，剩余5%为缺陷责任期保证金，在缺陷责任期满二年后二十八天内付清。对竣工工期的违约责任约定为：因为工期对发包人具有重要意义，除合同另有规定外，承包人不能在约定竣工日通过竣工验收的，每迟延一日，应按1万元/天向发包人支付违约金；对工程竣工验收条件约定为：工程具备竣工验收条件，承包人按国家工程竣工验收有关规定，向发包人提供完整竣工资料、竣工验收报告、竣工图。合同还约定了其他的通用条款和专用条款内容。
2010年4月29日，b公司与a公司又对合同条款内容作出了会议纪要，双方对工程款的结算又进行了具体的补充。
2010年5月4日，b公司发出《开工令》，通知a公司于5月8日进场施工，a公司遂于该日开始施工。
2010年5月31日、6月3日，监理单位分别发出工程暂停令、建设工程停止施工指令单，认为因没有施工许可证，要求停工，但从监理日志的记载内容，事实上没有停工，施工正常进行。
2010年6月15日，双方签订《补充合同》，对三废工程进行了另行报价，工程款暂定3,780,000元，工程量见清单报价书；管理费为6%、人工费68/元、材料机械单价按2010年4月份中准价下浮5%，工程款在审计结束付至工程审定价的95%，剩余5%为缺陷责任期保证金，在期满1年后二十八天内付清等内容。
2010年8月16日，a公司向b公司发出通知:工程已顺利完成了12#车间的结构封顶、13#车间的三层结构施工、综合仓库的基础已施工至正负零零线、危险品库二结构施工基本完毕，但绿色通道证书已超过三个月的有效期，希望尽快出具有效的施工许可证，如因以上因素造成我司一切经济损失，将由贵司承担。
2010年9月6日，b公司通知a公司曾于6月19日暂缓开工的综合仓库，现由4层变为5层，于9月份开工，人材机单价参照2010年8月中准价，a公司收到后，注明：人材机另定。
2010年11月19日，上海市奉贤区建设工程质量监督站发出的建设工程局部暂停施工整改指定单，要求对工程暂停施工。为此，b公司与a公司于同月21日达成赔偿协议内容：b公司同意支付a公司每天停工损失32,000元（包含人工、机械等所有一切费用）；具体支付停工费用按实际天数结算，时间暂定自2010年11月20日至2010年12月7日。嗣后，b公司已实际支付赔偿款576,000元。
2010年12月6日，b公司取得《建筑工程施工许可证》，载明：合同开工日期为2010年5月8日，合同竣工日为2010年9月30日，具体开工日以开工报告为准。
施工过程中，b公司对工程作出过7次局部变更施工。
2010年12月30日，a公司向b公司发出工期延误索赔，要求b公司按32,000元/天补偿停工损失，共200天，赔偿金额为6,464,000元。b公司收到后未予回应。
2011年3月16日，a公司向b公司发出工作联系函，提出5点要求：综合仓库的报价人、材、机应按照2010年10、11、12信息平均价，且不参加总价下浮；外脚手架给予合理考虑；工程结构特殊，模板作一次性摊销处理；三废工程和室外总体工程的组价应执行施工期间的信息价；适当考虑补偿综合仓库停建的经济损失。b公司签收后，未作答复。
2011年4月21日，a公司向b公司发出《工作联系函》，认为工程已具备竣工验收条件，请求b公司组织验收。同月26日，b公司、a公司、监理单位、设计单位对工程进行了初验，并形成初验报告，b公司和监理单位提出了工程中存在的具体问题。a公司经整改后，于5月25日要求复验，但在5月31日由监理单位、b公司、a公司签字的工程验收记录（万溯二期扩建）上仍记载了7条21点问题需整改。6月8日，上海市奉贤区建设工程质量监督站发出《建设工程安全质量问题整改通知单》，记载工程存在6个问题，监理单位、b公司、a公司均予以签收。6月14日，b公司致函给a公司，要求a公司尽快对工程存在的问题早日解决，避免损失扩大。6月29日，b公司再次组织验收，但因a公司没有到场而无法进行。
2011年8月16日、8月23日、9月6日，b公司三次通知a公司：决定于2011年8月11日开始启用工程，但a公司应及时撤离现场，否则仍将视为逾期竣工，以每日1万元计算违约金。
2011年9月21日，b公司会同奉贤公证处对施工现场状况进行了拍摄，显示现场尚有小部分机械设备和施工材料未撤场。9月23、24日，a公司在撤场时，与b公司发生冲突，后在当地公安机关的劝解下，a公司在出具了搬离物品单据后，才撤离了现场。
法院还查明，a公司于2011年1月3日发出情况说明，请求b公司追加支付已核定的15,988,798元中的20%，即3,197,759元。同月10日，b公司同意支付2,600,000元。由于b公司未按承诺付款，a公司遂于2011年4月诉至法院，请求b公司支付该款项及相应利息。法院于2011年5月19日作出（2011）奉民三（民）初字第1417号民事判决书，判决b公司支付2,600,000元及利息。判决生效后，b公司于8月1日、8月15日分别支付了本金2,600,000元、利息80,281元。
法院另查明，b公司已支付工程款15,454,285元，其中包含了未在工程进度款内但承诺提前支付的2,600,000元、利息80,281元以及停工赔偿款576,000元。另外，审价费用为200,000元，已由a公司支付。
2011年8月26日b公司诉至法院，请求判令：1、请求解除双方于2010年4月28日签订的土建合同；2、a公司按照合同对工程进行改造、配合完成竣工验收手续，撤离现场并交付合格工程；3、a公司向b公司赔偿因逾期竣工的违约金223万元（每天1万元，自2011年1月1日起至2011年8月11日止）；4、a公司交付竣工验收所需的所有施工资料。a公司则提起反诉，请求判令：1、b公司支付工程款9,024,717元；2、b公司支付因中途停工造成的经济损失5,536,000元；3、b公司赔偿因自身原因导致工程不能竣工备案而造成a公司自2011年4月23日起至竣工备案之日的损失（暂计至2011年8月11日为111万元）；4、b公司赔偿因逾期支付工程款而造成的a公司实际损失174,855元。
原审审理中，a公司向法院申请对工程造价进行司法审计，法院予以准许，并通过上海市高级人民法院的指定，委托上海四海建设工程造价咨询监理有限公司（以下简称审价单位）进行审价。审价单位于2012年2月23日、2012年4月16日分别作出了《司法鉴定意见书》、《补充鉴定》。鉴定意见：双方确认的造价为9,528,975元（在签证工程造价784,719元中包含了停工赔偿款576,000元）；双方有争议部分：1、基坑围护工程，按施工方案造价为601,442元，按b公司认为的实际施工为木桩，因缺乏资料，无法认定；2、综合仓库，按a公司意见为4,160,933元，按b公司意见为2,919,351元；以施工期间的信息价，再按合同约定的下浮，计算的金额为3,713,291元;3、三废工程土建工程，按a公司意见为5,181,452元，按b公司意见为4,303,170元；4、模板一次性摊销增加费用4,504,659元，a公司认为应当计算，而b公司认为不应计算；5、对外脚手架费用的合理考虑、综合仓库停建损失，无法认定，由法院裁决。审价单位还向法院提供了《司法鉴定工作会商纪要》1份，以证明该纪要为其审计依据之一。
对《司法鉴定意见书》、《补充鉴定》，经庭审质证，a公司除坚持意见书中争议部分的意见外，对其余内容没有异议；b公司除坚持意见书中争议部分的意见外，还提出：1、土建工程的室外总体消防火栓没有做，但鉴定单位将其计算了进去，对应的价格是17,576元；2、根据合同约定，商品混凝土的价格应当是每立方353.05元，但审计价却按460元每立方计算道路商品混凝土，违反了双方的约定；3、带型基础模板的施工面积应为32.88平方米，但审价却按74.03计算，明显多算了；4、保温隔热屋面的单位面积应为平方，但审计却按立方单位计算，造成金额相差悬殊。对《司法鉴定工作会商纪要》，双方均无异议。
审价单位当庭回复：1、竣工图上有消防火栓这一项目，现场有外面的壳，但里面的管子等实质性内容确没有做，评估价是外壳的费用；2、铺设道路的商品混凝土一般都是非泵送砼而非泵送，应按非泵送砼的价格计算，但投标书上没有非泵送砼的计价标准，故采用了信息价，在发初稿时向双方征询过意见，b公司也没有对此提出异议；3、带型基础模板的面积是根据双方确认的竣工图计算，有2012年2月27日的会议纪要为证；4、经审查核对，确错将平方按立方计算了，对应的造价多算了63,173.28元，应在三废工程土建工程造价中予以扣除。
原审认为，本案争议焦点为：一、本案的工程总造价应如何认定？二、对逾期竣工应由谁承担违约责任，应如何计算相应的违约金？三、a公司应否向b公司交付所有的施工资料？四、对合同约定的剩余未完成工程量是否予以解除？五、对逾期付款260万元，是否应当另行赔偿损失？
一、本案的工程总造价的认定问题。
1、对双方根据合同约定以及《司法鉴定工作会商纪要》所共同确认的无异议造价9,528,975元，法院予以确认。
2、对消防火栓项目争议。虽b公司提出不应计算该项目的价款，但因审价单位明确，现场有消防火栓外壳，且评估价也是外壳的费用，故该金额应计算，法院采纳评估部门的意见，对该金额不予调整。
3、对道路的商品混凝土的计价争议，虽b公司提出应按约定的商品混凝土单价计算，但该约定单价系泵送价格，而审价单位明确，铺设道路一般都是非泵送砼，因此采用了非泵送砼的信息价，法院采纳评估部门的意见，对该金额不予调整。
4、对带型基础模板的面积争议。虽b公司提出面积计算有差异，但审计单位是根据双方确认的竣工图计算工程量，法院采纳评估部门的意见，对该金额不予调整。
5、对保温隔热屋面的计算问题。因审价单位确认其错将平方按立方计算，对应的造价多算了63,173.28元，故应在三废工程土建工程造价中应扣除该金额。
6、对基坑围护工程的争议。虽b公司提出实际施工用的是木桩而非钢桩，但其没有提供相关证据，且工程系隐蔽工程，无法从现场查知，而审价单位明确，其是按照施工监理确认的施工方案，计算出造价为601,442元，故法院采纳审价单位的意见，以该金额为基坑围护工程的造价。
7、对综合仓库土建工程的争议。b公司认为，根据合同约定，工料机价格应执行投标价，应按约定下浮，而人工、商品混凝土、钢筋可按施工月份补差，对应的价格应为2,919,351元。a公司则认为，其于2011年3月16日发出过《工作联系函》，b公司签收后未予回应，应视为对函上内容的确认，该函对综合仓库的计价明确为工料机价格应执行2010年10、11、12月的信息平均价，且不参加总价下浮，故对应的价格应为4,160,933元。对此争议，法院认为，一方面，综合仓库原定于6月份开工，由于b公司的要求，致使延后至9月份开工，且工程由4层变为5层，与原约定施工内容相比，整体工程的状况有较大变更，不宜再按合同约定的2010年2月份信息价计算；另一方面，《最高人民法院关于贯彻执行若干问题的意见》第66条规定：“一方当事人向对方当事人提出民事权利的要求，对方未用语言或者文字明确表示意见，但其行为表明已接受的，可以认定为默示。不作为的默示只有在法律有规定或者当事人双方有约定的情况下，才可以视为意思表示。”b公司在收取a公司的工作联系函后，并未用语言或者文字明确表示意见，也未用实际行为表示同意，故b公司对函予以签收，不能视为对工作联系函内容的默认，双方未对此达成合意，也不宜采用工作联系函上的计价方式。由于双方对变更后的综合仓库土建工程造价未达成一致意思表示，法院综合本案实际，采用整体施工时的平均信息价、双方合同约定的下浮比例等计价方式，确认造价应为3,713,291元（数据来源见补充鉴定）。
8、对三废工程土建工程的争议。b公司认为，工程造价应根据《补充合同》约定计价，对应的价格应为4,303,170元。a公司则认为，b公司对《工作联系函》签收后未予回应，应视为对函上内容的确认，该函对三废工程和室外总体工程的计价明确为应执行施工期间的信息价，故对应的价格应为5,181,452元。对此争议，法院认为，《补充合同》是双方真实意思的表示，对双方均有约束力，不得擅自变更，而《工作联系函》上的内容，因未经b公司同意，不能作为变更合同计价方式的依据，故三废工程土建工程造价应按4,303,170元计价。
9、对模板一次性摊销增加费用的争议。b公司认为，在其发出的招标文件中，已在分部分项工程量清单中包含了模板费用，如a公司在报价时列明该450多万元的费用，则b公司不可能接受其投标，另外，本工程系一般工程，无任何特殊可言，无需采用一次性模板工艺，故不应计算该费用。a公司则认为，b公司对《工作联系函》签收后未予回应，应视为对函上内容的确认，该函要求模板做一次性摊销处理，故应增加造价4,504,659元（按模板剩余可使用的次数，乘以每次按定额标准计算的金额）。对此争议，法院认为，《工作联系函》上的内容，因未经b公司同意，不能作为变更合同计价方式的依据，且计价方式极不合理，故不应增加计算上述模板一次性摊销费用。另外，模板施工系土建工程中的一道施工工艺，其价格已包含在具体项目的报价中，也不应再单独计算造价。
10、对外脚手架的费用增加支付争议。b公司认为，在2010年4月29日签订的《合同条款会议纪要》中已明确载明外脚手架不计费。a公司则认为，b公司对《工作联系函》签收后未予回应，应视为对函上内容的确认，该函要求对外脚手架的费用合情合理的给予考虑，应酌情增加工程款210,000元。对此争议，法院认为，《工作联系函》上的内容，因未经b公司同意，不能作为变更合同计价方式的依据，双方还是应当根据合同约定以及双方已达成的一致意思表示履行各自的义务，故不应增加计算外脚手架的费用。
综上，本案工程的造价应为18,083,704.72元，扣除已付工程款15,374,004元（双方确认的已付款为15,454,285元，但涉讼2,600,000元款项的利息80,281元，不应作为已付款），剩余应付的工程款为2,709,700.72元。
二、对逾期竣工的违约方认定以及相应违约金的认定问题。
（一）对造成工程逾期竣工的责任认定问题。
1、绿色通道的超期和施工许可证的迟延办理对施工是否造成实质影响问题。
原审认为，b公司于2010年12月6日取得的《建设工程施工许可证》上明确载明开工日期为2010年5月8日，表明本案施工行为已经得相关行政单位的事后追认许可，并非违法施工，因此，法院重点审查：未及时取得许可证的施工期间，对逾期竣工是否造成实际的影响。
b公司在工程开始施工前，经得区级相关行政单位的许可，已取得了绿色通道工业项目提前介入单，期限为3个月，期间，虽监理单位认为没有施工许可证，曾于2010年5月31日、6月3日二次发出工程暂停令，但从监理日志、《本月度已完工工作量报表》、a公司于2010年8月16日发出的通知等证据上记载的已完成工程量，能够反映施工系正常进行，客观上不存在停工、半停工现象。
绿色通道的时间到期后，a公司虽曾书面要求过b公司尽快出具有效的施工许可证，但a公司没有提供存在实际停工、半停工的有效证据，其仅以工地例会复印件，认为未召开工地例会的时间即为停工时间，法院对此意见难以采纳。
对上海市奉贤区建设工程质量监督站于2010年11月19日发出建设工程局部暂停施工整改指定单后造成的工程全面停工问题，应按双方于同月21日达成的赔偿协议内容履行，双方确认停工时间自2010年11月20日至2010年12月7日，时间间隔18天，故工期应顺延18天。b公司提出，停工时间实际为5天，顺延时间应按协议约定的实际停工天数计算，且a公司应返还多收取的停工损失416,000元，对此，法院认为，虽双方约定以实际天数结算，监理日志也反映了在该段时间内确有实际施工行为，但不能由此推定剩余的13天为正常施工，且b公司已按照18天的标准予以了赔偿，表明其已用行为确认了停工18天的事实，故法院对b公司关于顺延工期应为5天的意见不予采纳，同理，对其请求返还多收取的停工损失费的请求不予支持。
2、综合仓库推延施工对工期是否造成影响问题。
b公司于2010年6月19日通知a公司对综合仓库暂缓开工，于同年9月6日通知开工，时间间隔89天，根据合同“由于发包人原因造成的延误，则工期相应顺延”的约定，故工期应顺延89天。b公司称，暂缓开工的该段时间内，a公司实际统筹按排了其他三个单体和三废工程的施工，故实际没有对工期造成影响，对此，法院认为，由于双方约定的工期较为紧凑，从实际施工的方式看，是四个单体工程与三废工程同时展开施工，并非完成一个，再接着完成另一个，因此，综合仓库暂缓开工，对施工工期是存在影响的，a公司即使利用该段时间统筹安排了其他工程的施工，也不因此丧失合同约定a公司应享有的顺延工期权利。a公司提出，由于综合仓库暂缓开工，已造成其停工的实际损失，b公司应按照每日320,000元的标准予以赔偿，对此，法院认为，合同对因b公司原因造成延误的后果，仅约定为可以顺延工期，并未约定其他违约后果，而其提出的每日320,000元的赔偿标准，仅系针对2010年11月19日停工事件所达成的合意，并非可以扩大适用，且在a公司向b公司发出工期延误索赔后，b公司并未予以回应确认，因此，对a公司的停工赔偿请求，法院不予支持。
3、工程量变更是否对工期逾期竣工造成影响问题。
a公司认为，在实际施工中发生了工程变更7处，综合楼由4层变为5层，故逾期竣工的原因在于b公司。对此，法院认为，由于双方合同约定：发包人可随时发出指示要求对工程在设计、品质或者数量上作出更改、修正、增加或删除，此类工程变更不改变承包人应尽责任、义务，……工期不得顺延。由于合同约定，工程的变更不影响工期，故工程的7处变更不应增加工期。对综合楼由4层变为5层，属于b公司对工程量进行的重大变更，且b公司在其本诉起诉状上自认对此应延长20天，故应当增加工期20天。
4、工程款的支付情况是否对工期逾期竣工造成影响问题。
a公司认为，b公司于2010年8月27日支付的1,626,000元已逾期支付，是造成工期延期竣工的原因之一。对此，法院认为，对付款方式双方约定为：发包人每月按比例支付，对该部分工程量，由承包人在每月26日前将《本月度已完工工作量报表》、《本月工程加框结算表》送监理单位审核，发包人确认后的14天内支付工程款。涉及此款项的《月报付款审核说明》于2010年8月13日经监理审核，双方虽对此款项的支付发生过争议，但b公司还是于8月27日予以了支付，该时间并未超过合同约定的支付期限，另外，法院还审查了其余工程款的支付时间，b公司均在合同约定的期限内支付了工程款，故a公司不能以此作为工期延长的事由。
a公司认为，b公司于2011年1月10日承诺支付工程款2,600,000元，但其未及时支付，直至通过诉讼后的强制执行才得以实现，因b公司的迟延付款，才造成工程迟迟不能竣工。对此，法院认为，b公司需提前支付的2,600,000元，已经按照法律的规定承担了支付本金及利息的法律责任，但此系双方另行协商，改变原约定，同意提前支付的款项，与合同中的其他权利义务并不构成一个整体，a公司不能以此作为其行使履行抗辩的理由。
综上，由于b公司的原因，在原约定的158天基础上，应分别延长18天、89天、20天，本案的施工工期应为285天。开工日为2010年5月8日，工程理应在2011年2月19日前完成。
（二）对逾期竣工天数认定及相应违约金的计算问题。
从2010年12月31日的《月报付款审核说明》内容看，本案工程主体结构等施工内容已基本完成，按以往施工进度，a公司应有能力在2011年2月19日前对工程完成竣工，但a公司直至2011年4月21日才向b公司请求组织验收。在4月26日的工程初验和5月31日的复验后，仍有诸多问题需整改，最后至6月8日的《建设工程安全质量问题整改通知单》仍记载工程存有需a公司整改的问题。6月14日，b公司要求a公司尽快对工程存在的问题早日解决以避免损失扩大，并于6月29日再次组织验收，因a公司没有到场而无法验收。b公司为避免损失的扩大，遂决定于2011年8月11日接收使用工程。上述事实表明，工程未能及时竣工，系a公司未积极提请验收、未进行及时整改以及不配合验收等原因所造成，自2011年2月20日至8月11日止，逾期竣工共174天，a公司应按合同约定的每日1万元的标准予以赔偿，计为1,740,000元。
b公司还提出，其准备于8月11日使用工程，也多次信函催促a公司早日撤场，但由于a公司不予配合，直至9月24日才完全撤走了现场堆放的施工机械、建筑材料，致使在该段时间内不能实际使用工程，也应计算逾期竣工违约金。对此，法院认为，现场虽有小部分施工机械、建筑材料，但对整体工程的使用并无实质影响，故对b公司的该请求，法院亦不予支持。
a公司提出由于b公司自身的原因导致工程不能竣工备案，b公司应赔偿自2011年4月23日至实际竣工日止，按每日1万元的标准予以赔偿。对此，法院认为，如上所述，工程自应当竣工日即2011年2月20日起至2011年8月11日止，不能及时竣工的原因，系a公司未及时提请验收、未积极整改和配合验收所造成，而8月11日后，即使存在由于b公司自身的原因而不能竣工备案，对工程不能及时利用的损失应由b公司自行承担，对a公司而言，其并无任何损失产生，故对a公司的该请求，因没有事实与法律依据，法院不予支持。
三、对a公司应否向b公司交付所有施工资料的争议。
b公司认为，a公司应根据合同的约定提交所有施工资料。a公司则认为，现其保存施工资料，是施工方的职责和权利，为行业惯例，由于b公司的水电没通、层高不符合验收标准，故没有移交，要移交也只能向奉贤区档案馆移交。法院认为，合同约定：工程具备竣工验收条件，承包人按国家工程竣工验收有关规定，向发包人提供完整竣工资料、竣工验收报告、竣工图。现a公司已完工并撤场，工程已具备验收条件，关于该工程的水电、层高等是否影响验收结果，并不能作为a公司拒交相关资料的理由，故其应就所完成的工程应向b公司提交符合国家工程竣工验收有关规定的完整竣工资料及竣工图，而非向奉贤区档案馆移交，故对b公司的该请求，法院予以支持。
四、对合同约定的剩余未完成工程量是否予以解除问题。
原审认为，由于a公司在其代理词中已明确合同已履行完毕，故合同约定的工程虽有部分甩尾工程尚未完成，但双方对解除剩余工程施工的合意已达成一致，且a公司已实际撤场，法院已无需再对甩尾工程的解除再作出裁判。
五、对逾期付款260万元，是否应当另行赔偿损失问题。
a公司认为，由于b公司未按约支付260万元，造成其向案外人承诺支付的钢材款不能及时支付，产生了174,855元违约金损失，b公司应予赔偿。对此，法院认为，为双方约定提前支付的此260万元款项，a公司已提起过诉讼，b公司也已按生效判决支付该款项及相应利息，a公司再提起逾期付款损失，法院难以支持，况且，a公司向案外人付款的行为，款项的来源并非仅依赖于b公司，其违约支付，与b公司是否及时付款无必然之联系。
原审认为，建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。a公司具有建设工程的施工资质，且其与b公司签订的合同，系双方真实意思的表示，也未违反法律、法规的强制性规定，系合法、有效，双方均应恪守履约。就本诉方面的请求，因a公司的原因，造成逾期竣工174天，其应当按约支付逾期竣工违约金1,740,000元，同时，由于a公司已完工并撤场，b公司已接受工程，a公司应当按约向b公司交付符合国家工程竣工验收有关规定的完整施工资料及竣工图。就反诉方面的请求，本案工程造价为18,083,704.72元，扣除已付款项15,374,004元，尚应支付的剩余款项为2,709,700.72元。对双方的其余诉讼请求，因均无事实与法律依据，法院不予支持。
原审法院于二○一二年五月十八日依法作出判决：一、b公司于判决生效之日起十日内给付a公司工程款人民币2,709,700.72元；二、a公司于判决生效之日起十日内给付b公司延期竣工违约金人民币1,740,000元；以上一、二项相抵扣，b公司于判决生效之日起十日内给付a公司人民币969,700.72元；三、a公司于判决生效之日起十日内向b公司提供其所施工的、符合国家工程竣工验收规定的完整施工资料及竣工图；四、驳回b公司的其余诉讼请求；五、驳回a公司的其余反诉请求。双方当事人如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审本诉案件受理费人民币24,640元，由b公司负担6,670元，a公司负担17,970元；反诉案件受理费58,436.50元，由b公司负担9,992.50元，a公司负担48,444元；财产评估费200,000元，由b公司负担34,200元，a公司负担165,800元。
判决后，a公司不服，上诉称，系争工程于2010年12月6日才取得施工许可证，施工过程中存在设计变更等因b公司原因导致的停工及工期延误，且2011年4月21日a公司即要求b公司进行工程验收，故a公司不存在逾期竣工违约行为，不应支付逾期竣工违约金；因b公司要求综合仓库暂缓开工，造成a公司停工损失，故b公司应按每天3.2万元标准赔偿a公司89天的停工损失。请求二审法院维持原审判决第一、三、四项，撤销原审判决第二、五项，改判驳回b公司要求a公司支付逾期竣工违约金的诉讼请求，并判令b公司支付a公司中途停工89天按每天3.2万元计算的停工损失即2011年4月23日至8月11日的损失111万元。
被上诉人b公司辩称，系争工程是取得绿色通道介入单后先施工再补办施工许可证，施工许可证载明的开工日期为2010年5月8日，虽然施工中存在设计变更，但工期已经予以顺延，之后质监站在验收时提出了质量问题，b公司要求a公司整改，a公司不予理睬也不参加验收，a公司逾期竣工是客观事实，应当承担相应违约责任；施工过程中双方对停工问题已经达成一致意见，a公司再要求b公司赔偿停工损失缺乏依据。原审判决正确，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
二审审理期间，a公司提供了一份b公司出具给上海市奉贤区建设工程质量监督站的情况说明，用以证明上海市奉贤区建设工程质量监督站发出的《建设工程安全质量问题整改通知单》中所记载的6个问题中，第一项内容是b公司要求a公司不要施工，其余几项内容已经在6月份整改完毕。b公司经质证表示，对该份情况说明的真实性没有异议，第一项排水工程是b公司要求a公司不要做，其余几项a公司已经在6月24日前整改完毕。b公司同时提供一份其于2011年6月24日出具给上海市奉贤区建设工程院质量监督站的整改通知回复单。a公司对该份整改通知回复单不持异议。
本院经审查认为，b公司出具给上海市奉贤区建设工程质量监督站的上述两份函件真实有效，且与本案双方争议的系争工程竣工日期相关，本院依法予以采纳。
本院经审理查明，原审查明事实属实，本院予以确认。
另查明，2011年6月24日，b公司向上海市奉贤区建设工程站发出“b公司二期扩建（土建）工程整改通知回复单”，载明，1、因本扩建工程配合设备安装的要求和需要，部分车间进出设备的大门/部分车间的室内地坪找平层/部分车间的卫生间/部分电器及室内给水/局部窗台高度低于90cm的防护栏杆/局部屋面上人区域护栏等工程量暂不能施工，待工艺设备安装时同步施工，本次按甩项竣工验收处理，有关暂缓施工内容我们建设方与施工方进行协商安排或由建设单位安排具有相关专业资质的施工单位在竣工备案验收前全部施工完毕；2、楼梯平台栏杆、屋面落水管将军帽、涂料局部漏涂等已整改完毕。
2011年10月27日，b公司与监理单位上海千信工程监理有限公司共同向上海市奉贤区建设工程质量监督站发出“b公司二期扩建（土建）工程整改通知的情况说明”，主要内容为：：1、存在问题第一条暂不能施工，由建设单位负责待工艺设备安装时同步进行完善；2、存在问题第2条、第3条、第4条已全部整改完成；3、存在问题第5条、第6条已全部整改完毕。
本院认为，一、关于a公司是否存在逾期竣工之违约行为。
首先，虽然b公司于2010年12月6日方取得建设工程施工许可证，然本案证据显示，系争工程是b公司先取得绿色通道工业项目提前介入单，在实际开工后才补办了建设工程施工许可证。现建设工程施工许可证上载明的开工日期为2010年5月8日，a公司也确认其实际于2010年5月8日开始施工，a公司也未能举证证明由于b公司未能办理建设工程施工许可证对其前期施工造成影响，故应当认定系争工程的开工日期为2010年5月8日。a公司上诉主张开工日期应认定为2010年12月6日与客观事实不符，该上诉理由本院不予采信。
其次，系争工程在施工过程中，上海市奉贤区建设工程质量监督站发出过暂停施工整改指定单、b公司要求对综合仓库暂缓开工、且存在7处设计变更，对于上述因b公司原因对工期造成的影响，原审法院根据双方合同约定及实际履行情况认定工期得以顺延共计127天，该认定公平合理，并无不当。a公司上诉主张工期应进一步顺延缺乏依据，该上诉理由本院不予采信。
再次，a公司施工完毕后于2011年4月21日向b公司发出《工作联系函》要求b公司组织验收，在b公司组织相关单位进行初验后，a公司也根据b公司提出的整改意见进行了整改，之后上海市奉贤区建设工程质量监督站进行验收时发出《建设工程安全质量问题整改通知单》，提出工程存在6个问题，而根据b公司向上海市奉贤区建设工程质量监督站出具的整改通知回复单以及其在二审中确认的事实，质监部门提出的6项质量问题中除第一项是b公司自身之外，其余5项质量问题均由a公司在2011年6月24日之前整改完毕，故应当认定a公司施工的竣工日期为2011年6月24日。原审法院对系争工程竣工日期认定有误，本院予以纠正。
综上，系争工程开工日期为2010年5月8日，竣工日期为2011年6月24日，实际施工412天；双方合同约定工期为158天，加上因b公司原因可顺延工期127天，a公司应施工工期为285天；a公司实际逾期竣工127天。根据双方合同约定，工期每迟延一天，a公司应支付1万元违约金，故a公司应支付b公司逾期竣工违约金127万元。
二、关于a公司主张的因综合仓库暂缓开工造成停工89天的停工损失。虽然b公司确实要求a公司对综合仓库暂缓开工，但从a公司的实际施工方式看，系争工程是四个单体工程与三废工程同时进行施工，综合仓库暂缓开工期间，a公司可统筹安排其他工程的施工，故即便综合仓库暂缓开工对整体工期有所影响，但不会造成a公司整体停工，且从现有证据材料来看，也无证据证明a公司在综合仓库暂缓开工期间存在整体停工的客观事实。此外，b公司与a公司在2010年11月21日所达成的赔偿协议仅针对2010年11月19日因上海市奉贤区建设工程质量监督站发出停工整改指令所造成的停工损失，对于计算的停工时间也有明确约定，现a公司以该协议约定的赔偿标准要求b公司赔偿综合仓库暂缓开工的停工损失缺乏依据。故本院对a公司要求b公司以每天3.2万元的标准赔偿89天中途停工损失的上诉请求不予支持。
另，关于a公司上诉要求b公司赔偿2011年4月23日至8月11日的损失111万元，既无事实依据，亦无合同及法律依据，本院不予支持。
综上所述，原审法院对a公司应支付的逾期竣工违约金认定有误，本院予以纠正；a公司上诉请求中的合理部分，本院予以支持。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（一）项之规定，判决如下：
一、维持上海市奉贤区人民法院（2011）奉民三（民）初字第2615号民事判决书主文第一、三、四、五项；
二、变更上海市奉贤区人民法院（2011）奉民三（民）初字第2615号民事判决书主文第二项为：a公司于本判决生效之日起十日内支付b公司逾期竣工违约金人民币1,270,000元；
a公司应承担的上述逾期竣工违约金与b公司应支付工程款相抵后，b公司应于本判决生效之日起十日内支付a公司人民币1,439,700.72元。
一审本诉案件受理费人民币24,640元，由b公司负担10,607元，a公司负担14,033元；一审反诉案件受理费58,436.50元，由b公司负担9,992.50元，a公司负担48,444元；财产评估费200,000元，由b公司负担34,200元，a公司负担165,800元。
二审案件受理费人民币51,686元，由a公司负担人民币47,423元，b公司负担人民币4,263元。
本判决为终审判决。
审判长: 周峰 代理审判员: 叶振军 代理审判员: 叶兰 二○一二年 九月十二日 书记员: 钱世杰