原告（反诉被告）某公司，住所地本市某区某路某号。
法定代表人周某，董事长。
委托代理人费某，某某（上海）事务所律师。
委托代理人吴某，某某（上海）事务所律师。
被告（反诉原告）某某公司，住所地本市某区某路某号。
法定代表人陈某，董事长。
被告（反诉原告）某某某公司，住所地本市某区某路某号。
法定代表人孙某，董事长。
两被告共同委托代理人杨某，某某律师事务所律师。
两被告共同委托代理人刘某，某某律师事务所律师。
第三人（反诉被告）某某某某公司，经营地本市某区某路某号。
法定代表人阎某，董事长。
委托代理人尤某，某某律师事务所律师。
原告（反诉被告，以下简称“原告”）某公司（以下简称“某公司”）诉被告（反诉原告，以下简称“被告”）某某公司（以下简称“某某公司”）、某某某公司（以下简称“某某某公司”）项目转让合同纠纷一案，本院于2009年9月29日立案受理。2009年10月29日被告某某某公司向本院提出管辖异议，本院于2009年11月4日裁定驳回管辖异议，被告某某某公司不服提起上诉，上海市第一中级人民法院于2010年1月12日二审裁定维持。2010年4月29日某某某某公司（以下简称“新中公司”）申请作为有独立请求第三人进入诉讼。2010年7月14日两被告在本案中另行提起反诉。本院依法组成合议庭，于2010年9月2日、17日，10月13日公开开庭进行了审理。原告委托代理人费某、吴某，两被告共同委托代理人杨某、刘某，第三人委托代理人尤某到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原告某公司诉称：2004年8月28日原告与某某某公司、新中公司签订《“在建项目”转让协议书》，约定原告与新中公司将在建工程项目“上海云中乡村大酒店”转让给某某某公司，转让费共计人民币1.6亿元，其中应向原告支付1.2亿元，对因项目超规划面积可能产生的费用作出暂扣200万元的约定。同年9月6日，原告与某某某公司签订补充协议，某某某公司承诺就原告为在建项目已经实际支付的设计等费用，向原告另外支付2,000万元。同年11月26日，原告与某某某公司、新中公司签订补充协议，约定系争在建项目转至某某某公司注册成立的项目公司某某公司名下，原转让协议中各方权利义务不变。2005年7月15日，原告与某某公司签订补充协议，明确如系争项目总建筑面积比转让协议约定面积不减少1,000平方米，且未因此被处罚，或处罚费用未达到200万元的，多余款项应返还原告。同时某某公司向原告交付1,000万元的支票，并承诺于2006年1月15日进帐。2006年1月16日，原告持某某公司交付的1,000万元支票向银行提示付款，因存款不足遭退票。原告遂诉至上海市第一中级人民法院，要求某某公司支付上述款项，但法院以协议约定原告应开具发票而未开为由驳回原告诉请。2009年7月，经原告以自行申报方式向上海市地方税务局长宁分局纳税，并开具了1.68亿元的建筑物转让发票。另据原告了解，系争项目并未减少建筑面积，亦未因超规划而被罚款，根据约定，暂扣的200万元亦应予返还。为此，原告于2009年8月24日向两被告发送律师函，书面告知已开具发票的事实，要求其接函后7日内支付余款1,000万元并返还预留费用200万元，逾期将承担利息，然两被告却予以推脱。原告认为，原告于2006年已向某某某公司移交了2,000万元的发票，原告已全面履行了合同约定的开票义务，某某公司理应将余款1,000万元及预留款200万元支付给原告，并承担相应的利息。另依据2004年11月26日补充协议的约定，某某某公司应对上述款项承担连带责任。原告据此诉请判令如下：1、被告某某公司向原告支付转让款1,000万元及逾期利息（按照人民银行逾期贷款利率来计算，自2009年9月1日起至实际支付之日止）;2、被告某某公司向原告退还预留款200万元及逾期利息（计算标准同前）;3、被告某某某公司对前两项诉请承担连带责任。
被告某某公司、某某某公司本诉辩称：关于原告的第一项诉请，被告主张其未向原告支付1,000万元属实，但原因是原告违约在先，未向被告提供已付1.68亿元的发票，此外，原告于2005年1月5日向被告承诺，对系争在建项目未经规划许可地下建筑面积2,939.2平方米，由原告通过申请规划调整的方法加以解决，解决过程中产生的一切费用由原告承担，但上述需原告申请规划调整的问题实际由被告自行解决，为此给被告造成200万元损失，应在1,000万元未付款中予以抵扣，故被告只同意支付800万元。对原告该项诉请中主张的利息损失，被告认为在原告未交付发票前，被告不应支付利息;关于原告的第二项诉请，被告认为双方在2004年8月28日合同中对预留的200万元作了明确约定，由原告负责解决超规划问题后，被告方有义务将该款支付给原告; 2005年7月15日原、被告就该部分预留款另行签订补充协议，约定如超规划面积经有关部门处理后，别墅规划面积减少不超过1,000平方米的情况下，被告才负有向原告支付预留款的义务。实际上，最终规划审批的别墅面积减少达到1,598.4平方米，根据上述约定，被告不应再支付200万元; 关于原告的第三项诉请，被告认为系争在建项目转让协议签订后，已通过补充协议形式将原受让方第二被告某某某公司的权利义务概括转让给了第一被告，并未约定第二被告仍需承担连带责任，故不同意原告的该项诉请。
被告某某公司、某某某公司反诉称：2004年8月28日某公司、新中公司与某某某公司签订《“在建项目”转让协议书》中约定，某公司与新中公司收到转让款后负有向某某某公司开具合法有效发票的义务，其后某某公司概括取得系争合同项下的全部权利义务后，于2005年7月15日与某公司另行签订补充协议，约定某公司在某某公司支付的余款1,000万元支票进帐时，必须提供1.78亿元的可进成本的合法有效发票。两被告已依约向原告与第三人支付了1.68亿元转让款，但原告至今未依约向某某公司开具发票，两被告将面临重大损失。故两被告反诉请求如下：1、判令原告某公司向被告某某公司开具金额为1.68亿元的在建项目转让款发票;2、判令原告某公司向被告某某公司开具因本诉纠纷被告某某公司需支付的在建项目转让款发票。本案审理期间，两被告自愿撤回第二项反诉请求。
原告某公司反诉辩称：按照2004年8月28日《“在建项目”转让协议书》中约定及其后2005年7月15日签订的补充协议，原告与第三人均负有开具发票的义务，原告虽基于种种原因单独开具了1.68亿元的发票，为此支付了近2,000万元的税费，但原告认为仅对己方收取的1.28亿元转让款负有开票义务，对第三人收取的4,000万元转让款发票，被告应向第三人主张。
第三人新中公司述称：关于原告本诉的第一项请求，第三人认为，其在本案应诉时才知悉原告与某某某公司私下签订了2,000万元的补充协议，第三人对原、被告称该2,000万元补偿系额外补偿给原告的意见不予认同，该补偿款从性质上仍系转让款，应计入系争在建项目转让款的总额，该部分补偿款应当属原告与第三人共有，故第一被告负有向原告与第三人共同支付1,000万元余款的义务，而第二被告则应承担连带责任;关于原告本诉的第二项请求，第三人认为，根据系争《“在建项目”转让协议书》的约定，因系争在建项目超规划而预留的200万元，系原告与被告之间的权利义务关系，与第三人无涉。关于被告的反诉请求，第三人认为，一方面被告在本案中虽将第三人列入反诉被告之列，但反诉请求中仅向原告提出开具1.68亿元发票的请求，并未向第三人提出请求，亦未要求第三人承担连带责任。关于2,000万元补偿款争议，第三人要求在本案中一并予以处理，该部分补偿款的分配方案因双方未经过协商，第三人认为应比照双方1994年4月28日签订《合作经营云中大酒店协议书》中确定的投资比例进行分配，即第三人占33％、原告占67％。第三人据此主张其对2,000万元补偿款应得660万元，被告应将未支付余款1,000万元中的660万元支付给第三人。关于原告反诉辩称其仅对原告收取1.28亿元负有开票义务的辩称意见，第三人提出下述反驳意见：原告与第三人2004年8月28日同日签订的《〈合作经营云中乡村大酒店协议书〉补充协议书》，不仅明确了双方对1.6亿元转让款的分配方案，而且还明确双方对转让发生费用的承担，第三人除承担征用集体土地所需的费用外，其余包括土地出让金、转让契税等费用均由原告承担，开发票实质上涉及相关契税承担，故原协议中确定的1.6亿元转让款理应由原告开具发票。事实上，税务机关在其后的税收检查中，亦责令由原告而非第三人补开1.68亿元发票并补交了相应的税收。关于2,000万元补偿款的发票问题，第三人认为可比照双方于1994年签订合作协议或者是2004年补充协议内容确定分配比例及开票义务。综上所述，为避免讼累，第三人在本案中提出下述独立请求：1、判令被告某某公司将在建项目转让款余款1,000万元之中的660万元支付给第三人;2、判令被告某某某公司对前项诉请承担连带清偿责任。庭审中第三人明确第一项除660万元本金外还包含利息，计算标准同原告本诉请求。
被告某某公司、某某某公司针对第三人诉请辩称：系争2,000万元补偿款系第一被告自愿向原告所作的额外补偿，该部分补偿款未涉及被告与第三人之间的权利义务关系，故不同意第三人的诉请。
原告某公司针对第三人诉请辩称：原告与第三人名义上为合作经营，但实质上系原告向第三人租赁场地用于经营，目的系为了规避集体土地不得用于出租的禁止性规定。原告、第三人与第二被告就系争在建项目转让达成协议之同时，亦对双方合作经营协议终止后的权利义务达成了协议，对协议中第三人以其37.6市亩土地作价所占33％的股权作了折算处理，即按每亩75万元折价。并对双方协议约定的第三人应得收益、原告应支付第三人的欠款本息等均达成一致。因此，原告与被告另行签订2,000万元补偿款的补充协议，与第三人没有关系，故不同意第三人的诉讼请求。
经审理查明如下事实：
1994年4月28日，原告某公司（乙方）与第三人新中公司（甲方）为共同投资、合作经营“云中乡村大酒店”签订《合作经营云中乡村大酒店协议书》，约定甲方以37.6市亩土地作价入股，占投资总额33％;乙方直接用现汇人民币投入（其中一期工程1,200万元，二期工程及云中乡村大酒店附属配套设施），占投资总额67％（第三条）;乙方为确保甲方利益，前五年的甲方分配利润每年105万元，以后每隔5年环比递增10％。…合作企业实行独立核算，自负盈亏制。乙方全面负责经营管理，其企业的亏损及债务均由乙方承担。…（第四条）。
同年4月30日，原告与第三人签订《补充协议书》，明确投资总额为6,000万元，第三人投资为1,980万元，其中37.6市亩土地按每市亩50万元折价为1,750万元，另为土地征用费及拆迁费230万元。原告投资为现汇4,020万元，双方投资比例保持不变。
1996年3月14日，原告与第三人签订《补充协议》，约定第三人提供600万元（其中495万元为银行存款，105万元为原告应上交第三人的九五年度利润）供原告用于工程建设，使用期限五年，按年利20％计息。
2004年8月28日，原告某公司（甲方）、第三人新中公司（乙方）与第二被告某某某公司（丙方）签订《“在建项目”转让协议书》，约定由甲方出资，乙方提供土地合作开发的“上海云中乡村大酒店”原地处长宁区新泾镇新泾村冯更浪51号，从93年立项、建造至今，尚在建（该项目占地面积24,583平方米，地上建筑面积27,755.7平方米，地下建筑面积2,939.20平方米，已建有主楼副楼各一栋，别墅22栋，整个项目尚未竣工），甲、乙方同意将其在建项目（包括土地）按现状全部出让给丙方（第一条）。…转让价总额为壹亿陆仟万元，包括征地费用、…前期开发费、已发生的土建费用、配套费用等（条款2.1）;协议签订当天，丙方支付给甲方定金贰仟万元，在乙方办妥土地出让金手续后，余款陆仟万元，丙方在二天内一次性付清，其中肆仟万元支付给乙方，另贰仟万元支付给甲方（条款2.2.1）;土地使用权和在建建筑物转至丙方名下时，丙方将余款柒仟捌佰万元一次性付清…（条款2.2.2）;由甲、乙方转让的在建建筑物实际已超过规划，此事应由甲方负责解决，由此发生的费用由甲方负担，在甲方办妥此条文事项后，丙方将余款贰佰万元在七天之内一次性付清。如甲方不能办妥此事，丙方不再支付该笔款贰佰万元，有关超出规划的事项则由丙方负责解决（条款2.2.3）;甲、乙方在收到丙方支付的转让款的同时，应向丙方提供合法有效的发票或收据（特别约定第4条）。该协议签订后，被告某某某公司依约支付了1.58亿元（200万元预留款除外），其中原告实际取得1.18亿元，第三人实际取得4,000万元。
2004年8月28日，第三人新中公司（甲方）与原告某公司（乙方）签订《〈合作经营云中乡村大酒店协议书〉补充协议书》，称双方一致同意将系争在建项目整体转让给某某某公司，并就在建项目转让中所涉及的相关事宜达成协议：双方确认转让款总额为1.6亿元包征地费用、动拆迁安置补偿费、前期开发费等（条款2.1）。总转让款的分配比例为，甲方得4,000万元、乙方得1.2亿元（条款3.1）。甲方分得转让款的依据及组成内容：（1）…包含甲方集体土地资源价格，故双方约定甲方33％股权价格最终以甲方自征集体土地面积24,583平方米，折价为2,820万元（折合每市亩75万元）;（2）甲方历年应得收益为661.5万元…;（3）…向甲方借款650万元，利息310.12万元，合计960.12万元;（4）超出1.5亿元转让款部分，甲方应分配额与甲方在建项目转让中应付的契税和相关费用折抵后的余款9.88万元…（条款3.2）。…办理在建项目转让过程中相关费用均由乙方承担（条款5.3）。…甲乙方双方与某某某公司签订的《在建项目转让协议书》3.2条款中规定的办理在建项目转让变更手续，由此产生的转让契税等费用，甲方应承担的部分由乙方承担（条款5.5）。
2004年9月6日，原告（甲方）与某某某公司（乙方）就上述“在建项目”转让协议书签订《补充协议》称，因甲方忽略其在筹建“上海云中乡村大酒店”项目的前期工作中，已对外支付了有关本项目的设计费用、工程建设中的违约金赔偿费用及其他费用等多项标的费用，经甲方事后提出和要求，通过双方友好协商并得到乙方的核实与谅解，本着实事求是及友情操作为原则，故同意额外补偿甲方贰仟万元…（第1条）。…分二期支付，第一期为该补充协议签定后一周内支付壹仟万元。第二期…将在建工程项目过户至乙方名下后，两个月时间内支付（第2条）。当乙方支付甲方款项的同时，甲方须提供合法有效的发票（第4条）。该协议签订后，被告某某某公司依约向原告支付了第一期款项1,000万元。
2004年11月26日，原告（甲方）、第三人（乙方）与第二被告某某某公司（丙方）就系争在建项目转让协议达成补充协议，约定丙方注册成立新的项目公司某某公司，并由该项目公司替代丙方受让系争在建项目（第一条）。系争在建项目的土地使用权和在建建筑物直接变更至项目公司某某公司名下，并替代丙方在此后进行一切有关的经营活动（第二条）。原三方于2004年8月28日共同签署的该在建项目转让协议书中明确规定的三方应有的各项权利和义务保持不变，三方应继续严格履行（第五条）。
2004年11月16日第三人被核准为系争在建项目所在地块房地产初始登记权利人，房产坐落为新泾镇249街坊67、68丘地块。2005年1月5日，第一被告与第三人为办理系争在建项目转移登记另行签订转让协议，同日，原告因就地下建筑面积未得到规划许可事宜向两被告出具《承诺书》称：本公司提出先将“云中”在建项目转让协议书（2005年1月5日某某公司与新中公司签约）中的有关内容加以调整，即将第一条款（事由）中地下建筑面积2,939.2平方米之内容去掉，以后将通过申请规划调整的方法加以解决，解决过程中由此产生的一切费用将全部由本公司独立承担，如申请不成，本公司将承担贵公司由此造成的有关一切损失。2005年1月11日，被告某某公司被核准为系争在建项目房地产登记权利人。
2005年7月15日，原告（甲方）与第一被告某某公司（乙方）签订补充协议称：对于2004年8月28日签订的转让协议书中，明确甲方向乙方提供的该在建项目的地上地下总建筑面积为30,694.9平方米，现经长宁区城市规划管理局明确规定，要乙方从该项目的别墅改建规划中减少1,000平方米以上。鉴此按照该协议2.2.3条的约定，甲方同意将200万元作为乙方处理超面积一事的费用，并予以认可。如乙方未减少1,000平方米面积，且规划局的处罚费用未达到200万元，则多余款项的部分乙方退还给甲方（第一条）。由于该项目总的转让款为1.8亿元，甲方应受让的价款为1.78亿元，甲乙双方特别约定：甲方承诺乙方交给的余款1,000万元支票应于2006年1月15日进帐，该支票进帐时必须满足如下前提条件：1、甲方须向乙方提供全额1.78亿元（其中新中公司的4,000万元由甲方负责收取）的可进成本的合法有效的发票;2、甲方不能擅自提前进帐…（第二条）。
2006年1月16日，原告持某某公司交付的1,000万元支票向银行提示付款，因存款不足遭退票。原告遂诉至上海市第一中级人民法院，要求某某公司支付上述款项，案号为（2006）沪一中民三（商）初字第18号，法院经审理认为，被告某某公司以原告未履行交付1.78亿元全额发票的约定义务为由拒绝付款，有相应的事实和法律依据，故判决驳回原告诉请。
2009年7月20日，原告向上海市地方税务局长宁分局申请开具了1.68亿元的建筑物转让发票，付款方名称为某某某公司。同年8月24日原告向两被告发送律师函，告知已开具了1.68亿元的发票，并要求两被告于收函后七日内支付转让余款1,000万元，同时，要求支付预留费用200万元。经催讨未果后，原告遂提起本案诉讼。
另查明， 1994年10月4日，上海市长宁区规划土地管理局就系争在建项目所在地块（对应的地号为长宁区新泾镇249街坊67、68丘）核发了《建设工程规划许可证》，建设单位为第三人，建筑位置为虹桥路2535号，建设项目为主楼（大酒楼）、别墅等，建设规模为26,946平方米＋309.4平方米，其中主楼1幢（层数4-5）规划面积为14,500平方米，锅炉房1幢900平方米，别墅22幢（层数2-3）为11,546平方米（a型房6幢、b型房10幢、c型房6幢）。
2006年7月25日，上海市长宁区规划土地管理局就系争在建项目所在67丘地块另行核发《建设工程规划许可证》，建设单位为某某公司，建设项目为酒店花园套房改建项目，建设规模为9,866平方米（其中地下室面积3,865平方米），为别墅16幢（酒店花园套房a为4幢、b为5幢、c为1幢、d为6幢）。
2007年1月19日，上海市长宁区规划土地管理局就系争在建项目所在68丘地块另行核发《建设工程规划许可证》，建设单位为某某公司，建设项目为商务酒店改扩建项目，建设规模为33,511平方米（其中地下室面积9,451平方米、保温层面积286平方米），为酒店用房1幢（层数为12）。
又查明，2003年9月10日原告与第三人曾就系争在建工程拟转让给案外人上海华集房产经营有限公司签订过一份《在建项目转让协议书》，转让总额为1.5亿元，其中第三人所得为3,990.12万元，余款归原告所有。第三人所得的前述转让款分三部分组成，内容与前述2004年8月28日第三人与原告签订《〈合作经营云中乡村大酒店协议书〉补充协议书》条款3.2中（1）、（2）、（3）三项内容一致。但该协议书与前述补充协议不同的是，双方约定办理系争在建项目转让登记手续中政府规定应承担的有关费用，按所得转让款的比例分摊承担，其中第三人承担26.6％、原告承担73.4％。庭审中，原告与第三人表示该协议并未实际履行。
上述事实有原告提交的《“在建项目”转让协议书》及多份补充协议、农行支票及退票收据、交易中心收件收据、房地产权证、（2006）沪一中民三（商）初字第18号民事判决书、转让发票、催款函及邮寄凭证、房地产登记册信息、《在建项目转让协议书》;被告提交的《建设工程规划许可证》及项目表、建设工程竣工规划验收合格证、《承诺书》;第三人提交的《合作经营云中乡村大酒店协议书》及多份补充协议等证据及当事人的庭审陈述为证，经庭审质证，本院予以确认。
在本案审理期间，原告于2010年3月15日另行向上海市地方税务局长宁分局申请开具了1.68亿元的建筑物转让发票，将付款方名称申请变更为某某公司。经本院协调，原告与被告某某公司于2010年9月9日达成协议，双方搁置争议，由原告先行将已开具的1.68亿元发票交付给某某公司，并一致同意将开票义务争议交由法院裁决，第一被告同时承诺收到原告本次交付的1.68亿元发票后，无论本诉判决如何均不要求原告对该转让款余款部分再开具发票。关于本案三方当事人之间的其余争议，经本院多次主持调解，因各方当事人意见分歧，至调解未成。
本案争议焦点之一，原告能否向被告主张退还预留款200万元及逾期利息。原告认为该200万元预留款系为了解决超规划问题，故应该从全部协议内容进行解释，但因该项目改建后的规划总面积已实际超过原规划面积，且被告并未因此受到罚款，故理应退还。对此，本院认为，2005年7月15日原、第一被告就该200万元预留款另行签订补充协议，该协议相关条文从文义解释上十分清楚，明确约定如别墅改建规划未减少1,000平方米，且规划处罚费用未达到200万元，被告才负有向原告退还预留款的义务。从本案查明的事实，系争在建项目别墅改建规划面积减少逾1,000平方米，被告据此主张不应退还200万元预留款的抗辩意见，本院应予采纳;原告诉称意见不能成立，本院难以支持。
本院争议焦点之二，第二被告与原告另行签订2,000万元补充协议，是否仅涉及原、被告之间的权利义务关系，第三人对该2,000万元补偿款是否可以主张权利。对此，本院认为，从2004年8月28日三方签订的转让协议及同日原告与第三人签订的补充协议，原告与第三人就系争在建项目转让款分配比例之基础应为1.6亿元，双方在上述协议中并未约定除前述转让款外，原告尚保留就系争在建项目向被告另行主张补偿之权利。然事隔数日第二被告即另行与原告签订2,000万元的补充协议，综合考虑该补充协议的具体内容、签订时间及第三人并不知情等因素，本院认为，原告与第二被告签订该2,000万元补充协议，从客观上侵害了第三人的合法权益。第三人知悉后对该补充协议约定的补偿款予以追认，主张应计入转让款总额归原告与第三人共有，被告负有共同向原告与第三人支付该补偿款的义务，该诉称意见理由充分，本院应予采纳;原、被告主张该补充协议约定款项与第三人无关的辩称意见，理由并不充分，本院不予采纳。
本案争议焦点之三：第一被告就未付1,000万元补偿款部分，是否可主张扣除200万元损失并不承担利息。被告在庭审中辩称，原告未履行2005年1月5日所做承诺，系争在建项目未经规划许可的地下建筑部分，本应由原告申请规划调整予以解决，但实际由被告自行解决并因此而支出了大量费用，被告虽无法提供证据，但客观上造成了200万元损失，故应在1,000万元未付款中予以抵扣。对此，本院认为，被告未能提供造成损失的相应证据，而原告、第三人对此不予认可，故本院难以支持。关于被告以原告未向第一被告开具1.78亿元转让发票故不应承担利息的抗辩意见，对此，本院认为，原告与第一被告2005年7月15日签订的补充协议，明确原告主张余款1,000万元须以向第一被告提供全额1.78亿元发票为前提条件，而事实上，原告确于2009年7月开具了以第二被告为付款方的1.68亿元发票，但原告开具发票后即于2009年8月向两被告发送律师函，两被告收悉后如对发票抬头及金额等存有异议，则负有及时通知原告的义务，以给予原告合理期限及时采取相应的补救措施。被告迟至本案审理期间才提起抗辩，对此亦存有过失，鉴于原告在被告提出抗辩后即于2010年3月15日将发票付款方变更为第一被告，又经本院协调后搁置争议于2010年9月9日完成1.68亿元发票的交付。综合本案原、被告双方的过错，本院酌定未付款利息的起算点从原告起诉时起算至实际交付日止，因逾期利息计算标准未作约定，故本院确定按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。
本案争议焦点之四：第一被告向原告主张开具1.68亿元发票的反诉请求，是否有相应的合同依据。对此，本院认为，依据原告与第一被告2005年7月15日签订的补充协议，明确原告为向第一被告开具1.78亿元发票的义务人，第一被告据此向原告提出开具1.68亿元发票的反诉请求，有相应的合同依据，本院应予支持。
本案争议点之五：第一被告未付1,000万元补偿款部分，原告与第三人之间应如何分配。对此，本院认为，鉴于原告与第三人对该笔补偿的分配及相应的义务无法协商一致，考虑原告与第三人就1.6亿元转让款各自权利义务分担所达成的补充协议，以及原告单独签订2,000万元补偿款所存在的过错，本院酌定比照双方前述补充协议中约定的分担原则，确定原告应得数额为1,500万元，第三人的应得数额为500万元。鉴于第一被告已向原告支付了1,000万元，为避免讼累，第一被告对未付1,000万元补偿款，负有分别向原告、第三人支付500万元及利息之义务。关于原告、第三人就开票义务所涉税费之争议，对此，本院认为，从双方就1.6亿元款项所签补充协议的内容，明确约定系争在建项目转让过程中产生的相关费用及应由第三人承担的转让契税等费用，均由原告承担，因此，第三人主张如比照其与原告所签补充协议来确定2,000万元部分的权义分担时，就原告开具发票所发生的税费不应由第三人承担的诉称意见可予成立，本院予以支持。
本案争议焦点之六：第二被告对第一被告之付款义务是否应承担连带责任。对此，本院认为，原告、第三人与第二被告2004年11月26日所签补充协议第五条，明确约定原系争在建项目转让协议书中三方应有的各项权利和义务保持不变，原告、第三人据此主张第二被告对第一被告承担连带责任，有相应的合同依据，本院予以支持。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六条、第一百零七条之规定，判决如下：
一、被告（反诉原告）某某公司于本判决生效之日起十日内向原告（反诉被告）某公司支付在建项目转让款人民币500万元及逾期利息（按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息，自2009年9月29日起至实际支付之日止）。
二、被告（反诉原告）某某公司于本判决生效之日起十日内向第三人（反诉被告）某某某某公司支付在建项目转让款人民币500万元及逾期利息（按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息，自2009年9月29日起至实际支付之日止）。
三、被告（反诉原告）某某某公司对前述第一项、第二项付款义务承担连带责任。
四、原告（反诉被告）某公司向被告（反诉原告）某某公司支付人民币1.68亿元的在建项目转让款发票（已交付）。
五、驳回原告（反诉被告）某公司的其余诉讼请求。
六、驳回第三人（反诉被告）某某某某公司的其余诉讼请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
本诉财产保全费人民币5,000元，由被告（反诉原告）某某公司、被告（反诉原告）某某某公司共同负担。
本诉案件受理费人民币94,132.60元，由原告（反诉被告）某公司负担人民币12,132.60元，由被告（反诉原告）某某公司、被告（反诉原告）某某某公司共同负担人民币82,000元。
反诉案件受理费人民币25元，由原告（反诉被告）某公司负担。
第三人独立请求受理费人民币29,000元由第三人（反诉被告）某某某某公司负担人民币4,000 元，原告（反诉被告）某公司负担人民币15,000元，由被告（反诉原告）某某公司、被告（反诉原告）某某某公司共同负担人民币10,000元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市第一中级人民法院。
代理审判员: 马浩波 二o一o年 九月二十一日 书记员: 陈莺