证券交易代理合同是指证券公司与投资者签订证券公司作为代理人，以被代理人投资者的名义参证券交易，交易的结果由委托的投资者承担的协议。因该协议订立、履行、变更、终止而产生的纠纷，即证券交易代理合同纠纷。
对于证券商与投资者之间的法律关系问题，主要有四种不同的观点：
1．行纪说。这一观点认为，证券商与投资者之间的法律关系是行纪关系，即代理仅指以被代理人名义的法律关系，法律行为后果直接归属被代理人。而在证券交易过程中，证券商执行客户委托须以自己名义进行。行纪人受委托人委托，以自己名义，用委托人的费用，为委托人办理业务，并收取佣金的协议因此，证券商接受投资者委托，以其名义人市交易，当属行纪性质，非为委托代理。
2．居间说。这一观点认为，证券商与投资者之间的法律关系是居间关系。证券商为客户提供信息，报告签订证券买卖合同的机会或充当签订合同的媒介、客户支付相应报酬。从证券公司和投资者在证券交易中的实质关系来看，是为投资者买卖证券、结算、交割、过户等，在这些关系中，证券商很难说是以居间人的身份出现的，因此，证券经纪商是居间人的观点与我国证券交易的实际情况不甚相符。
3．经纪说。这一观点认为，证券商与投资者之间的法律关系是经纪法律关系。经纪法律关系是特殊的代理合同关系。代理证券买卖服务是一种特殊业务，须经过国家特别许可。同样，代理权是一种特许权，这种特许权是一种独占权，即行业垄断权。只有国家认可的证券商才可以从事这类业务，享有代理权。这是证券商与投资者之间合同代理关系区别于一般委托代理关系和商事代理关系的本质所在。据此认为证券商与投资者之间的法律关系是一种特殊、新型的法律关系，称之为经纪法律关系。
4．代理说。这一观点认为，证券商与投资者之间的法律关系是代理关系。从实际运作来看，经纪行为从本质上具有代理行为的基本特征，确切指民事行为中的委托代理行为。在我国有关行政法规和地方证券交易立法中，如《上海证券交易管理办法》第42条，《深圳市股票发行和交易管理暂行办法》第49条，《证券公司管理暂行办法》第12条等，都采用“代理证券买卖”这一说法。
《规定》认为，证券商与投资者之间是代理关系，证券公司以投资者名义进行证券交易，交易的结果由投资者承担。
《证券法》(2006年1月1日起施行）
第一百四十一条 证券公司接受证券买卖的委托，应当根据委托书载明的证券名称、买卖数量、出价方式、价格幅度等，按照交易规则代理买卖证券，如实进行交易记录；买卖成交后，应当按照规定制作买卖成交报告单交付客户。
证券交易中确认交易行为及其交易结果的对账单必须真实，并由交易经办人员以外的审核人员逐笔审核，保证账面证券余额与实际持有的证券相一致。
《民法通则》(1987年1月1日起施行2009年8月27日修正）
第六十五条 民事法律行为的委托代理，可以用书面形式，也可以用日头形式。法律规定用书面形式的，应当用书而形式。
书面委托代理的授权委托书应当载明代理人的姓名或者名称、代理事项、权限和期间，井由委托人签名或者盖一章。
委托书授权不明的，被代理人应当向第三人承担民事责任，代理人负连带责任。
第六十六条 没有代理权、超越代理权或者代理权终止后的行为，只有经过被代理人的追认，被代理人才承担民事责任。未经追认的行为，由行为人承担民事责任。本人知道他人以本人名义实施民事行为而不作否认表示的，视为同意。
代理人不履行职责而给被代理人造成损害的，应当承担民事责任。
代理人和第三人串通，损害被代理人的利益的，由代理人和第三人负连带责任。
第三人知道行为人没有代理权、超越代理权或者代理权已终止还与行为人实施民事行为给他人造成损害的，由第三人和行为人负连带责任。
《合同法》(1999年10月1日起施行）
第四百零六条 有偿的委托合同，因受托人的过错给委托人造成损失的，委托人可以要求赔偿损失。无偿的委托合同，因受托人的故意或者重大过失给委托人造成损失的，委托人可以要求赔偿损失。
受托人超越权限给委托人造成损失的，应当赔偿损失。
第四百零七条 受托人处理委托事务时，因不可归责于自己的事由受到损失的，可以向委托人要求赔偿损失。
第四百零八条 委托人经受托人同意，可以在受托人之外委托第三人处理委托事务。因此给受托人造成损失的，受托人可以向委托人要求赔偿损失。
第四百零九条 两个以上的受托人共同处理委托事务的，对委托人承担连带责任。
第四百一十条 委托人或者受托人可以随时解除委托合同。因解除合同给对方造成损失的，除不可归责于该当事人的事由以外，应当赔偿损失。
证券交易代理合同纠纷属于合同纠纷，该类纠纷案件的管辖适用合同纠纷案件的管辖的一般原则，根据《民事诉讼法》第 21条的规定，由被告住所地或者合同行地人民法院管辖。
在适用本案由时要注意与“证券交易合同纠纷”区别，证券交易代理合同纠纷的当事人双方是投资者与证券公司，而证券交易合同纠纷是投资者之间因证券交易合同而产生的纠纷。