船舶抵押合同纠纷，是指债权人与债务人达成的以债务人所有的(或在建的)船舶设定船舶抵押权的书面合同。船舶抵押合同纠纷，是指合同当事人因船舶抵押合同的订立、履行、变更和终止而产生的纠纷。
根据《民事或诉讼法》第24条、《海事诉讼特别程序法》第6条及最高人民法院《关于适用<中华人民共和国海事诉讼特别程序法>若干问题的解释》第1条的规定，因船舶抵押合同纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。
1、根据我国《民事诉讼法》第二十四条关于管辖的规定：因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖和《海事诉讼特别程序法》： 海事诉讼的地域管辖，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定。 下列海事诉讼的地域管辖，依照以下规定： (一)因海事侵权行为提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十九条至第三十一条的规定以外，还可以由船籍港所在地海事法院管辖; (二)因海上运输合同纠纷提起的诉讼，除依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二十八条的规定以外，还可以由转运港所在地海事法院管辖; (三)因海船租用合同纠纷提起的诉讼，由交船港、还船港、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖; (四)因海上保赔合同纠纷提起的诉讼，由保赔标的物所在地、事故发生地、被告住所地海事法院管辖; (五)因海船的船员劳务合同纠纷提起的诉讼，由原告住所地、合同签订地、船员登船港或者离船港所在地、被告住所地海事法院管辖; (六)因海事担保纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、被告住所地海事法院管辖;因船舶抵押纠纷提起的诉讼，还可以由船籍港所在地海事法院管辖; (七)因海船的船舶所有权、占有权、使用权、优先权纠纷提起的诉讼，由船舶所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。 最高人民法院《关于适用<中华人民共和国海事诉讼特别程序法>若干问题的解释》： 在海上或者通海水域发生的与船舶或者运输、生产、作业相关的海事侵权纠纷、海商合同纠纷，以及法律或者相关司法解释规定的其他海事纠纷案件由海事法院及其上级人民法院专门管辖。
根据我国《海商法》的箱柜规定： 船舶所有人或者船舶所有人授权的人可以设定船舶抵押权， 船舶抵押权的设定，应当签订书面合同。
《海商法》(1993年7月1日起施行）
第十一条 船舶抵押权，是指抵押权人对于抵押人提供的作为义务担保的船舶，在抵押人不履行债务时，可以依法拍卖，从卖得的价款中优先受偿的权利。
第十二条 船舶所有人或者船舶所有人授权的人可以设定船舶抵押权。船舶抵押权的设定，应当签订书面合同。
第十四条 建造中的船舶可以设定船舶抵押权。
建造中的船舶办理抵押权登记，还应当向船舶登记机关提交船舶建造合同。
《物权法》(2007 年10月1日起施行）
第一百七十九条 为担保债务的履行，债务人或者第三人不转移财产的占有，将该财产抵押给债权人的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，债权人有权就该财产优先受偿。
前款规定的债务人或者第二人为抵押人，债权人为抵押权人，提供担保的财产为抵押财产。
第一百八十条 债务人或者第二人有权处分的下列财产可以抵押：
（五）正在建造的建筑物、船舶、航空器；
第一百八十八条 以本法第一百八十条第一款第四项、第六项规定的财产或者第五项规定的正在建造的船舶、航空器抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立；未经登记，不得对抗善意第三人。
《合同法》(1999年10月1日起施行）
第一百二十四条 本法分则或者其他法律没有明文规定的合同，适用本法总则的规定，并可以参照本法分则或者其他法律最相类似的规定。
《民事诉讼法》(1991年4月9日通过2012年8月31日第二次修正）
第二十三条 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
《海事诉讼特别程序法》(2000年7月l日起施行）
第六条 海事诉讼的地域管辖，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定。
下列海事诉讼的地域管辖，依照以下规定：
（六）因海事担保纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、被告住所地海事法院管辖；因船舶抵押纠纷提起的诉讼，还可以由船籍港所在地海事法院管辖。
《最高人民法院关于适用＜中华人民共和国海事诉讼特别程序法＞若干问题的解释》（法释〔2003 ) 3号2003年2月1日起施行）
第一条 在海上或者通海水域发生的与船舶或者运输生产、作业相关的海事侵权纠纷、海商合同纠纷，以及法律或者相关司法解释规定的其他海事纠纷案件由海事法院及其上级人民法院专门管辖。
因抵押合同的客体是债务人或第三人提供的不转移占有的不动产或特定的动产，故因船舶抵押合同纠纷提起的诉讼，由担保物所在地、船籍港所在地、被告住所地海事法院管辖。
在适用本案由时，要注意其与抵押权的权属纠纷的区别。抵押合同属于物权变动的原因关系，是债权性质的合同关系，而抵押权涉及的权属则是物权变动结果意义上的法律关系，也就是说若是对船舶抵押合同的订立履行、变更和终止而提起的诉讼，才应该立船舶抵押合同纠纷案由。
我国《海商法》中的船舶抵押权与《物权法》中的抵押权概念基本一致，而我国《海商法》中并未对船舶抵押合同作出专门规定，因此有关船舶抵押合同的纠纷，应该适用《合同法》总则和《物权法》的相关规定。
作为抵押标的的船舶应是实际存在的并具有足够担保的价值已经沉没或者失踪、发生了其他实际全损或推定全损的船舶上均不能设定抵押权，在已设有抵押权的船舶上再设抵押权时需审查该船上是否存在可提供担保的剩余价值，否则押权之受偿顺序在后，所余船价如果不足再设抵押权的担保时成不足额担保甚至致抵押权落空的情况。